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2018-11-02浏览量:1888

微生物组分析闪耀升级!多种展现形式任君选择

您的需求是我们不断前进的动力!欢迎各位小伙伴们文末留言,踊跃提出您的需求!我们携手开发/升级新的分析内容,助力于您科研成果的优质产出!

  α-多样性指数多重比较差异分析 

升级之前的α-多样性指数分析如图1a所示,从图上虽然可以见到N组的微生物多样性指数高于A组和E组,但是否达到数据统计的差异显著性尚未知晓。升级后如图1b所示,结合Adonis分析,通过得到的P-value值直观呈现两组间的差异(其中0.01<P≦0.05,用“*”表示,表示差异显著;P≦0.01,用“**”表示,表示差异极显著),一目了然。

图1 α-多样性指数多重比较差异分析升级前(a)和升级后(b) 

  PCoA(PCA)分析  

PCoA(PCA)分析,在第一、二主坐标(成分)侧边的box-图,直观显示出不同分组样品间微生物群落差异和基于第一、二主坐标(成分)的样品分布等,比较清晰显示不同分组的样品分布情况(图2);同时,我们新增添聚类圈,可以清楚看到各组间样品的分布情况(图2b);也可结合Adonis分析,从整体上分析不同分组间的差异,通过得到的P-value值直接表明样品间是否存在显著性差异(图2c,0.01<P≦0.05,表示差异显著;P≦0.01,表示差异极显著)。多种PCoA(PCA)展现形式,满足您的不同“口味”需求! 

图2 PCoA分析图

 肠型分析/阴道分型 

肠型(Enterotypes)分析/阴道分型即以肠道/阴道等样本中的几种(常为一种)微生物作为指示/驱动类群,对样本重新聚类,以降低复杂性。在算法和数据处理等方面均进行了细节优化(图3),特别是对于生殖道样本,增添了16S注释到种的分析。肠道分型和阴道分型等有利于确定与菌群相关的医学参数,是临床研究的切入点,将有利于指导患病风险。

图3 肠型分析优化后

 Fishtaco分析 图4 阴道微生物菌群分型

Fishtaco分析,基于算法将物种与基因功能/代谢通路联系起来,通过对微生物样本中所有分类组别进行研究,确定哪些物种或物种群体与微生物样本中差异基因功能/代谢通路相关,得到引起功能改变的驱动因子;进一步研究驱动因子对差异基因功能/代谢通路改变的贡献程度,深度探讨物种引起某种基因功能/代谢通路改变的可能作用机制。

图5 物种对基因功能/代谢通路贡献度的Fishtaco分析

  Circos分析   Circos圈图起初是为了基因组序列相关数据的可视化,比如甲基化、组蛋白修饰、SNP等。目前公海赌船网址团队利用Circos分析的优势实现了大多数关系型数据的可视化,可以应用于微生物组研究的多个领域,如CAZy基因家族与物种信息对应的Circos分析等。

图6 CAZy基因家族与物种信息对应的Circos分析

 数据库适时更新  

 CAZy数据库

NCBI_NTNR

eggNOG数据库

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定期更新/下载最新的数据库

并将其添加到常规分析流程中

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