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α-多样性指数多重比较差异分析
升级之前的α-多样性指数分析如图1a所示，从图上虽然可以见到N组的微生物多样性指数高于A组和E组，但是否达到数据统计的差异显著性尚未知晓。升级后如图1b所示，结合Adonis分析，通过得到的P-value值直观呈现两组间的差异（其中0.01<P≦0.05，用“*”表示，表示差异显著；P≦0.01，用“**”表示，表示差异极显著），一目了然。
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图1 α-多样性指数多重比较差异分析升级前(a)和升级后(b)
PCoA（PCA）分析
PCoA（PCA）分析，在第一、二主坐标（成分）侧边的box-图，直观显示出不同分组样品间微生物群落差异和基于第一、二主坐标（成分）的样品分布等，比较清晰显示不同分组的样品分布情况（图2）；同时，我们新增添聚类圈，可以清楚看到各组间样品的分布情况（图2b）；也可结合Adonis分析，从整体上分析不同分组间的差异，通过得到的P-value值直接表明样品间是否存在显著性差异（图2c，0.01<P≦0.05，表示差异显著；P≦0.01，表示差异极显著）。多种PCoA（PCA）展现形式，满足您的不同“口味”需求！
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图2 PCoA分析图
肠型分析/阴道分型
肠型（Enterotypes）分析/阴道分型即以肠道/阴道等样本中的几种（常为一种）微生物作为指示/驱动类群，对样本重新聚类，以降低复杂性。在算法和数据处理等方面均进行了细节优化（图3），特别是对于生殖道样本，增添了16S注释到种的分析。肠道分型和阴道分型等有利于确定与菌群相关的医学参数，是临床研究的切入点，将有利于指导患病风险。
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图3 肠型分析优化后
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Fishtaco分析 图4 阴道微生物菌群分型
Fishtaco分析，基于算法将物种与基因功能/代谢通路联系起来，通过对微生物样本中所有分类组别进行研究，确定哪些物种或物种群体与微生物样本中差异基因功能/代谢通路相关，得到引起功能改变的驱动因子；进一步研究驱动因子对差异基因功能/代谢通路改变的贡献程度，深度探讨物种引起某种基因功能/代谢通路改变的可能作用机制。
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图5 物种对基因功能/代谢通路贡献度的Fishtaco分析
Circos分析 Circos圈图起初是为了基因组序列相关数据的可视化，比如甲基化、组蛋白修饰、SNP等。目前公海赌船网址团队利用Circos分析的优势实现了大多数关系型数据的可视化，可以应用于微生物组研究的多个领域，如CAZy基因家族与物种信息对应的Circos分析等。
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图6 CAZy基因家族与物种信息对应的Circos分析
数据库适时更新
CAZy数据库
NCBI_NTNR
eggNOG数据库
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定期更新/下载最新的数据库
并将其添加到常规分析流程中
告诉您个秘密哦，公海赌船网址新增了人体口腔数据库（HOMD），可搜索到口腔中存在的细菌物种的全面信息；同时，如果您专注研究某一部位的菌群，小锐也会调研特定部位菌群研究数据库，探索和挖掘更多有价值的信息，让您的微生物组研究更顺畅！