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2018-06-05浏览量:4848

科服售后问题小集锦

1、环境因子与物种关联性分析,有哪几种分析方法?

答:环境因子与物种关联性分析,有三种分析方法分别为:Spearman相关性分析网状图、Spearman相关性分析热图、RDA,举例如下:

 

2、Stamp分析中为什么每一个分析方案中都有两个图,如L2pca和 L3 pca图,区别在哪里?

答:进行功能预测时会有不同的等级关系,类似物种分类的界门纲目科属种,L2和L3分别代表代谢通路不同层级,如Metabolism;Carbohydrate Metabolism;Amino sugar and nucleotide sugar metabolism中,Carbohydrate Metabolism是L2层级,Amino sugar and nucleotide sugar metabolism是L3层,我们对于L2和L3分别作图 。 

3、关于结果的横向柱状图有点不明白:

  • 如下图:第一个代谢通路Linoletic acid metabolism,左侧的图mean proportion(%),这个百分比是指什么意思,是占所有代谢通路的吗?

  • 右侧的黄色点点是代表什么意思?

  • 此外,第3,4,5,6,7的左边都看不太清,右侧黄点在0处,但是P值又小于0.05,请问是怎么回事?

  • 答:mean proportion(%)表示代谢通路的丰度分别在两组样本中所有代谢通路的百分比;

    • 右侧黄点代表95%置信区间;

    • 第3,4,5,6,7的左边都看不太清,是因为代谢通路在两组样本的丰度比较低,P值小于0.05表示有显著性差异,虽然有显著性差异,但是如果代谢通路在两组样本中丰度均比较低的话,左侧的图依然无法明确显示。

    4、STAMP差异分析与基础分析里的差异分析有什么不同?

    答:基础分析提供的是lefse和秩和检验,STAMP分析含有多种检验方法,作图更美

    5、Alpha多样性指数的意义?

    答:公海赌船网址的Alpha多样性指数共包括6个指数,observed species,Chao1指数, PD_whole_tree,goods_coverage,Shannon指数,simpson指数,主要用于评估单个/组样品中微生物的多样性,如结构组成和丰度等。

    • Observed_species 指数:表示实际观测到的OTU数量;

    • Chao1指数:用来评估样品所含OTU的总数;

    • PD_whole_tree:是兼顾考虑进化距离的多样性评估指数,它是基于系统发生树来计算的一种多样性指数,它用各个样品中OTUs的代表序列计算出构建系统发生树的距离,将某一样品中的所有代表序列的枝长加和,从而得到的数值;

    • Goods_coverage指数:反应了测序的深度,goods_coverage指数越接近于1,说明测序深度已经基本覆盖到样品中所有的物种;

    • Shannon和simpson指数:同时考虑到物种丰富度和均匀度的多样性指数,所以表达意义上更为准确,考虑优先选择。

    另外,评价Alpha多样性指数较多,如果老师需要其他更为贴切的衡量指数,可以将该指数的具体计算公式提交给技术人员,我们帮忙增加个性化指数。

    注意事项:

    Alpha多样性指数只是用来衡量物种多样性的多少,如果发现算出的结果与项目最初设想不一致,建议老师更多关注菌群组成信息。

    6、Pathway这部分中A VS B,图片展示中只有A结果,是否是指只有A组的样品有这些代谢通路,而B组没有?

    7、PCA、PCoA与NMDS的差异,哪个更准确?第一主成分是? 主成分因素是根据什么而定的?是否是客户想研究的因素?

  • 答:三种分析用到的算法不同。

    • PCA分析是基于原始的物种组成矩阵所做的排序分析

    • PCoA分析则是基于由物种组成计算得到的距离矩阵得出的

    • NMDS 不依赖数据,与样品间距离的秩相关。

    选择哪个图片呈现,请老师根据具体的实验,选择更符合、贴近研究目的的图表。

    主成分因素是将数据进行降维后,对方差贡献最大的两种因素,这两种因素是虚拟因素,无法真实还原现实中的各种处理或环境因素。

    主成分因素和客户想研究的因素之间并没有任何关系,如果客户想要研究具体因素与样本和菌群的关系,需客户提供具体因素,使用CCA/RDA分析或相关性分析。

     注意事项:

    以上分析默认不在图形上直接显示样品名称,具体分析图上点对应样品名称,请分别查找完整结果文件夹中各分析结果文件夹中csv后缀的文件,该文件即是每个样品对应分析图中第一和第二主坐标的位置。

     8、宏基因组序列拼接之后,为什么没有用拼接的序列与数据库进行比对,进行物种分析?

    答:宏基因组物种注释,公司使用的是clean reads进行物种注释,信息量大(Metahit发起人Dusko实验室使用的方法);如果用拼接后的序列进行物种注释,会丢失一些物种的信息,因为拼接的过程中由于组装局限性,一些物种基因组序列无法拼接,使用拼接结果进行物种注释将会丢失这部分未组装成功的物种信息。

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