Kraken是2013年9月推出的一款宏基因组分类分析软件，通过使用k-mers的精确对齐和新的分类算法来实现高灵敏度、高速度的分析。
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与MetaPhalAn2相比Kraken的特点是非常快速，但内存需求较大，比较适宜大量小数据集运算。
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准确度方面Kraken与Megablast相当，灵敏度虽低，但精度非常高。下面是来自kraken官网关于各分类器的测评结果：
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Kraken如此的高效快速，是不是很想试一试，下面小锐给大家简单展示一个操作示例。
Kraken安装
Kraken是由C ++和Perl编写的，专门用于Linux操作系统。
下载地址：http://ccb.jhu.edu/software/kraken/
下载安装包并解压后，进入含有install_kraken.sh文件的目录下，
命令: ./install_kraken.sh $KRAKEN_DIR（$KRAKEN_DIR实际操作中的路径）
显示：Kraken installation complete.即为安装成功，为方便后续操作，安装完成后，可将两个主要Kraken脚本：kraken和kraken-build复制到PATH变量（例如“$ HOME / bin”）中
命令：
cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken $ HOME / bin
cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken-build $ HOME / bin
Kraken数据库
首先，设定比对的数据库，也可以下载该软件提供的数据库。Kraken提供的参考数据库分别包含了细菌、古细菌以及病毒基因组。
命令：
kraken-build --standard --db $DBNAME （ “$ DBNAME”替换为首选数据库名称/位置。）
数据库目录下至少包含4个文件：database.kdb、database.idx、taxonomy / nodes.dmp、taxonomy / names.dmp。
然后，下载NCBI分类学信息，以及RefSeq中细菌，古细菌和病毒域的完整基因组。
命令：
kraken-build --standard --threads 24 --db $DBNAME
注：此步构建过程大约需要5个小时。
最后，删除任何不必要的文件。
命令：kraken-build --db $ DBNAME --clean
Kraken 分类分析
对一组序列进行分类，使用kraken命令：
kraken --db $ DBNAME seqs.fq
结果：
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解析：
“C”/“U”：一个字母代码，表示序列是分类的还是未分类的。
序列ID，从FASTA / FASTQ头获得。
分类标识Kraken用于标记序列; 如果序列未分类，则这是0。
序列的长度以bp为单位。
空格分隔的列表，指示序列中每个k-mer的LCA映射。 例如，“562：13 561：4 A：31 0：1 562：3”将表明：
前13个k-mers被映射到分类ID＃562
接下来的4个k-mers被映射到分类ID＃561
接下来的31个k-mers含有一个模糊的核苷酸
下一个k-mer不在数据库中
最后3个k-mers被映射到分类ID＃562
若想显示每个输入序列关联的完整分类名称，我们可以使用kraken-translate脚本，会生成两种不同的输出格式。该脚本基于kraken的输出运行，其中未分类的序列不会被kraken-translate报告。
kraken-translate输出的第一列是分类序列的序列ID，第二列包含序列的分类。
命令：
kraken --db $DBNAME sequences.fa > sequences.kraken
kraken-translate --db $DBNAME sequences.kraken > sequences.labels
结果：
若想使报告显示“界门纲目科属种”的分类的级别排序，使用参数--mpa-format。
命令：kraken-translate --mpa-format --db $ DBNAME
结果：
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按序输出，并利用管道来划分各分类级别。
所以，还在等什么，赶紧实战起来吧，完成你的Kraken 分类分析。
参考文献：
Wood DE, Salzberg SL: Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments. Genome Biology 2014, 15:R46.